Häufig wird der Magen für das Entstehen von Mundgeruch verantwortlich gemacht. In über 90% der Fälle aber liegen die Ursachen für schlechten Atem im Mund-, Nasen- und Rachenraum und werden in der Regel durch spezielle Bakterien hervorgerufen. Diese Bakterien sind anaerob, leben also ohne Zufuhr von Sauerstoff in Zahnzwischenräumen, Zahnfleischtaschen, unter überstehenden Füllungs- und Kronenrändern oder in den Vertiefungen der Zungenoberfläche.
Für ihre Vermehrung nutzen sie bevorzugt Reste von Nahrungsmitteln und abgestorbene Schleimhautzellen. Je höher der verfügbare Anteil von Eiweiß, um so mehr schweflige Abbauprodukte entstehen, die nach verfaulten Eiern und Verwesung riechen. Eine Hauptrolle nehmen dabei die so genannten flüchtigen Schwefelverbindungen (VSC = volatile sulphur compounds) wie Schwefelwasserstoff und Methylmercaptan ein.
Aus diesem Grund können eiweißreiche Speisen wie Fisch und auch Milchprodukte den schlechten Atem verstärken. Aber auch eine zu trockene Mundschleimhaut fördert den Mundgeruch. Speichel enthält normalerweise ausreichend Sauerstoff. Dieser Sauerstoff hält einerseits die Anzahl der anaeroben Bakterien niedrig und sorgt andererseits für einen Abtransport der schwefelhaltigen Produkte. Die während der Nacht verringerte Speichelproduktion erklärt auch den unangenehmen Geschmack am Morgen.
Gegenspieler dieser anaeroben Bakterien sind die aeroben Bakterien, die auf die Anwesenheit von Sauerstoff angewiesen sind. Zwischen diesen beiden Arten sollte immer ein Gleichgewicht bestehen. Ist jedoch in Folge einer Antibiotikabehandlung, einer Erkrankung, einseitiger Ernährung oder der Anwendung von Mundspülungen dieses Gleichgewicht zerstört, können einzelne Bakterienarten sich stärker vermehren als andere. Bestimmte Faktoren begünstigen außerdem diesen Prozess. Dazu gehören z. B. verminderter Speichelfluss, Mundatmung, Schnarchen, falsche Ernährung, Medikamenten-Einnahme, Infekte aber auch Fastenkuren und Stress.
